"Ninja" là cách đọc on'yomi của hai chữ kanji "忍者". Trong cách đọc kun'yomi, nó được phát âm là shinobi-mono (Hiragana: しのびもの), thường được rút gọn lại thành shinobi. Theo âm Hán-Việt, hai chữ kanji "忍者" được đọc là "nhẫn giả". Tuy nhiên, cách đọc này lại không có nghĩa tương đồng trong tiếng Nhật. Trong nghĩa gốc Hán, "忍" (on'yomi: "nin", kun'yomi: "shinobi") có nghĩa là "nhẫn" (kiên nhẫn, nhẫn nhịn), trong tiếng Nhật nó lại có nghĩa là "ẩn nấp/ tàng ẩn". Còn "者" (on'yomi: "ja", kun'yomi: "mono") trong nghĩa gốc Hán là "giả" (người), trong tiếng Nhật có cả nghĩa là "người" hoặc "tổ chức". Theo đó, ta có thể gọi ninja là "tàng ẩn giả"

Ban đầu, từ "ninja" không được sử dụng phổ biến, mà do đặc thù bí mật và tính ngôn ngữ địa phương, rất nhiều các danh xưng khác nhau để mô tả những gì mà sau này được gọi là ninja[7], như:

• Monomi (物見, ものみ)
• Ukagami (伺見, うかがみ)
• Rappa (乱破, らっぱ)
• Dakkou (奪口, だっこう)
• Kusa (草, くさ)
• Nokisaru (軒猿, のきさる)
• Kamari (屈, かまり)
• Kanshi (間士, かんし)
• Ninjutsu tsukai (忍術使い)

Trong số đó, "shinobi" là danh xưng được sử dụng nhiều nhất.

Danh từ shinobi, được viết thành "忍び", được ghi nhận xuất hiện từ thế kỷ thứ VIII, trong các bài thơ của Man'yōshū.[8][9]

Shinobi được dùng để chỉ cho nam giới lẫn nữ giới. Tuy vậy, các shinobi nữ còn được gọi là kunoichi (くノ一, "ku" viết theo hiragana, "no" viết theo katakana, "ichi" viết bằng chữ "nhất" của kanji), mà các ký tự của nó được cho là hình thành từ ba nét trong chữ "nữ" (女) trong kanji.[10]

Khi người Phương Tây bắt đầu tìm hiểu văn hóa Nhật Bản, nhất là từ sau Thế chiến thứ hai, họ thường dùng từ "ninja" do nó ngắn gọn, dễ nói, dễ nhớ hơn đối với người Phương Tây[11]. Từ đó, danh xưng "ninja" trở nên phổ biến hơn cả ở Nhật Bản lẫn trên thế giới.